При определённых обстоятельствах, в каких-то ситуациях приходится довольствоваться тем, что имеешь (что есть).

• На безрыбье и рак рыба
• На безлюдье и Фома дворянин
• Сена нет, так и солома съедена
• За неимением гербовой, пишут на простой

Сгнившие деревья при определённых условиях дают очень тусклый свет, а днём его совсем не видно. И лишь безлунной ночью можно заметить это слабое свечение, которое хоть как-то даёт возможность ориентироваться.

В переносном смысле это выражение следует понимать так: когда не хватает фактов, когда никто не может понять, в чём причина того или иного события, хоть какая-то догадка лучше полной неизвестности.

Иногда пословицу используют и в ироническом смысле. Дескать, этот тип не бог весть какая светлая личность, гнилушка он, да за неимением лучшей кандидатуры и он сгодится...

— Разве в нашем купецком быту родится что-нибудь хорошее? А ты врала мне: Тарас — такой, Тарас — сякой! Купец, как купец...
На пороге комнаты она [Любовь] обернула к нему гневное лицо и вполголоса кинула: — У, ненавистник!..
Фома засмеялся... — В темноте и гнилушка светит, — злостно думал он.

Максим Горький (настоящее имя — Алексей Максимович Пешков). «Фома Гордеев»