Непредвиденный оборот дела, неожиданные обстоятельства.

Выражение происходит от старинного названия школьной дисциплины «История с географией», преподававшейся в России. Намёк на школьное преподавание, особенно древней истории, в связи с географией.

На уроках по этому предмету происходили различные курьёзы.

Это может быть и выражение удивления, разочарования при неожиданном, непредвиденном обороте дела. Другими словами, возникновение какого-либо затруднения, выход из которого представляется делом нелёгким.

— Вы перед издателем защищайтесь, коли нужно. А со мной-то о чём говорить? Обидел я вас, так к мировому тащите…
— Вот так история с географией! — воскликнул издатель, когда Гвоздев захлопнул за собой дверь.

Максим Горький (настоящее имя — Алексей Максимович Пешков). «Озорник»