Говорится в ответ на вопрос: «Как поживаете?» или «Как ваше здоровье?» в значении «спасибо, ничего» как выражение благодарности за участливое отношение.
Если кто-то вдруг подумает, что фраза эта имеет хоть какое-то отношение к церкви, то он сильно ошибается. Никакого отношения! И верующим быть вовсе не обязательно.
Так во время обычной дружеской беседы, особенно в самом её начале, говорят в шутку в ответ на вопрос о здоровье или о жизни вообще.
Оно означает вежливую отговорку в значении «Да так, ничего, спасибо!».
В целом человек вам через такой ответ, даёт понять то, что у него всё настолько хорошо, насколько вы этого хотите и за него якобы молитесь.
Если у вас с этим человеком действительно близкие отношения, тогда он может говорить эту фразу без иронии и даёт вам понять, что у него всё действительно хорошо, так как вы за него молитесь.
Ну а если этот человек от вас далёк, то тогда от него такой ответ может идти в ироничном формате, через который он хочет дать вам понять то, что вам ведь всё равно на его дела в целом, так зачем тогда вы спрашиваете его о них и лучше бы вообще оставили его в покое.
Вашими молитвами живём. Живы своими грехами, вашими молитвами.
[Ломов:] — Как изволите поживать?
[Чубуков:] — Живём помаленьку, ангел мой, вашими молитвами.
Антон Павлович Чехов. «Предложение»