О глуповатом человеке со странностями, придурковатом; о ненормальном психически.

Имеется в виду, что у человека нарушена психика, отсутствует способность правильно воспринимать происходящее и нормально себя вести.

Другими словами: не всё в порядке с головой. Говорится с неодобрением.

Присутствие в доме всех домочадцев означает порядок, слаженность внутренней жизни; присутствие всех как элементов внутреннего интеллектуального пространства человека символизирует интеллектуальный порядок.

Отсутствие порядка в доме, неполнота дома «переносится» на интеллектуальную «неполноту» человека в высказываниях о людях с умственными и психическими нарушениями, с неадекватным поведением: не в полном уме.

Произнесение этого фразеологизма обычно сопровождается постукиванием пальцем по лбу или покручиванием у виска.

Этот внезапный отъезд породил в тульском обществе массу толков, приведших оскорбленных обывателей к выводу, что у Николая Герасимовича «не все дома».

Николай Эдуардович Гейнце. «Герой конца века»