Употребляется при сомнениях в наличии самого предмета, давшего повод для беспокойства, хлопот; при сомнении в чём-либо.
Вместо слова «мальчик» можно использовать любое другое слово, обозначающее предмет, в присутствие которого в данный момент закрадываются большие сомнения. Произносится в основном в шутливой форме.
И хотя выражение имеет ироничный оттенок, история его происхождения совсем невесёлая.
Выражение «а был ли мальчик?» является цитатой из романа «Жизнь Клима Самгина» Максима Горького (настоящее имя — Алексей Максимович Пешков;
В романе приводится эпизод из детства главного героя Клима Самгина.
Он и его товарищи — Борис Варавка и Варя Сомова — катались на коньках. Вдруг лёд проломился, и Борис с Варей оказались в воде. Клим пытался спасти их, протянул Борису конец своего гимназического ремня, но, почувствовав, что и его затягивает в воду, выпустил ремень из рук. Дети утонули.
Когда о несчастье узнали взрослые, начались поиски утонувших, и Клим услышал поразивший его «чей-то серьёзный недоверчивый вопрос:
— Да был ли мальчик-то, может, мальчика-то и не было.
Потом на протяжении всей жизни Клим вспоминал этот случай. Он мучился от вины, что не смог спасти товарища. И стараясь заглушить и притупить эту боль, уговаривал сам себя, внушал, что может, мальчика никакого и не было.