Призвать к ответу, наказать; отдать под суд.

Когда берут на цугундер, дело плохо. Человеку явно не поздоровится — его ожидает наказание.

Учёные спорят о происхождении этого оборота.

Скорее всего, он заимствован из немецкого языка. «Хундерт» по-немецки — «сто».

Когда арестованного солдата приговаривали к телесным наказаниям палками или гибкими прутьями (шпицрутенами), в приказе указывали количество ударов. «Цу хундерт» — по-немецки «К ста (ударам)!».

Память о суровых наказаниях провинившихся солдат в армии осталась в обороте «прогнать сквозь строй».

Это строй солдат, которые должны были сами приводить приговор в исполнение — по очереди бить палками провинившегося сослуживца...

Говорят мне: написал на вас un folliculaire пашквиль. Ну я, разумеется, тотчас его под цугундер. Привели голубчика…

Иван Сергеевич Тургенев. «Дым»